二者均有反复发作的腹痛、腹泻、粘液便。肠易激综合症上证虽反复发作，但一般不会影响全身情况；而慢性结肠炎往往伴有不同程序的消瘦、贫血等全身症状。结肠内窥镜检查，慢性结肠炎镜下可见结肠粘膜粗糙，接触易出血，有粘液血性分泌物附着，多发性糜烂、溃疡，或弥漫性粘膜充血、水肿，甚至形成息肉病。X线钡剂灌肠显示出有肠管变窄及缩短改变，粘膜粗乱、肠袋消失和假性息肉等改变。而肠易激综合症镜下粘膜仅有轻度水肿，但无出血糜烂及溃疡等改变。粘膜活检正常。X线钡剂灌肠无阳性发现，或结肠有激惹现象。