①慢性细菌性痢疾：
　　常有急性菌痢病史，粪便培养可分离出痢疾杆菌，结肠镜检查时取粘液脓性分泌物培养的阳性率较高，抗菌药物治疗有效。
　　②慢性阿米巴痢疾：
　　病变主要侵犯右侧结肠，也可以累及左侧结肠，结肠溃疡较深，边缘潜行，溃疡间的粘膜多属正常。粪便检查可找到溶组织内阿米巴滋养体或包囊，通过结肠镜取溃疡渗出物作肠检更易找到阿米巴滋养体。抗阿米巴治疗有效。
　　③克隆病：
　　鉴别要点见表1

表1溃疡性结肠炎和克隆病的鉴别
		溃疡性结肠炎	克隆病
症状与体征	发热	较少见	常见
	腹痛	较轻、常在左下或下腹	较重、常在右下或脐周
	腹块	罕见	常见
	粪便	常有粘液、脓血	一般无粘液脓血
	里急后重	常见	少见
	中毒性巨结肠	可有	少见
X线检查发现	受累肠段	以直肠、乙状结肠为主，可向上扩展，结肠病变连续性，偶有回肠末段受累	以回肠末段与相邻结肠为主，节段性受累
	肠腔狭窄	较少见	多见
	瘘管形成	少见	多见
直肠结肠镜发现	部位	常见直肠乙状结肠病变	可见近段结肠病变，少数累及直肠
	正常粘膜	病变弥漫，无正常粘膜	见于肠段病变之间
	粘膜病变	细颗粒状，有糜烂与浅溃疡	卵石样，有沟槽样溃疡
	粘膜脆性	增加，触之易出血	一般不增加
	炎性息肉	常见	可见
活检病理发现	肠壁炎症	主要在粘膜与粘膜下层	全壁性
	肠腺隐窝脓肿	多见	少见
	非干酪性肉芽肿	无	多见
癌变		可见	少见

　　④结肠癌：
　　多见于中年以上，常经直肠指检查可触及肿块，结肠镜与X线钡剂灌肠检查对鉴别诊断有价值，须注意与溃疡性结肠炎引起的结肠癌变区别。
　　⑤血吸虫病：
　　有疫水接触史，常有肝脾肿大，粪便检查可发现血吸虫卵，孵化毛蚴阳性，直肠镜检查在急性期可见粘膜黄褐色颗粒，活检粘膜压片或组织病理检查发现血吸虫卵。
　　⑥肠易激综合症：
　　伴有全身神经官能症，粪便有粘液但无脓血，显微镜检仅见少数白细胞，结肠镜检查无器质性病变证据。
　　⑦其他：
　　肠结核、缺血性结肠炎、伪膜性肠炎、难辨梭菌性肠炎、放射性肠炎、结肠息肉病、结肠憩室炎等应和本病相鉴别。